导语
单细胞蛋白质组学面临微量样本损失大、前处理通量低、检测灵敏度要求高等挑战。奥素科技（ACXEL）与布鲁克公司（Bruker）联合发布应用简报，将奥素科技BOXmini™ SCP有源数字微流控单细胞样本前处理平台，与布鲁克timsUltra AIP超高灵敏度质谱系统无缝集成。该工作流同时支持无标记和TMTpro多重标记两种策略，实现从深度解析到高通量细胞分型的全面覆盖。
技术亮点
1. 微流控优势：纳升级反应、无氧环境、减少样品损耗与蛋白氧化
2. 质谱优势：离子淌度＋快速扫描， 降低多重标记干扰
3. 场景适配：兼顾深度分析（低通量）与高通量筛选（高通量）
Part1
无标记工作流：单细胞深度覆盖
Jurkat细胞经BOXmini™ SCP芯片上裂解、酶解（3 nL体系），采用Evosep ENO Whisper Zoom 80 SPD分离，timsTOF Ultra 2 dia-PASEF检测。
无标记工作流示意图
80个单细胞平均鉴定2,026个蛋白组，总计约3,000个蛋白组（图2A）。约1,200个蛋白组在90%以上细胞中定量，动态范围达4个数量级（图2C）。细胞特异性蛋白CD3D、CD3E、STAT3等被检出，污染物（角蛋白、S100A8等）清晰分离。
无标记核心结果
Part2
TMTpro多重标记工作流：
高通量分型
Jurkat与FaDu细胞1:1混合，芯片上完成裂解、酶解、TMTpro 4重标记（126/127C/128C/129C），4个单细胞合并导出。采用Evosep ENO不同梯度分离，通量240-2000个单细胞/天，timsUltra AIP stepping dda-PASEF检测。
多重标记工作流示意图
Whisper Zoom 80 SPD（通量240/天）平均鉴定1,500个蛋白组；标准梯度500 SPD（通量2000/天）仍可鉴定约300个蛋白组（图4A）。PCA无需标签信息即可清晰分离Jurkat与FaDu细胞（图4C）。火山图确认：Jurkat高表达LCP1，FaDu高表达CTTN，与人类蛋白图谱转录数据一致（图4D-4E）。
多重标记梯度对比及分型结果
核心结论
设备适配
BOXmini™ SCP与timsTOF系列质谱、Evosep ENO色谱兼容性良好。
无标记方案
蛋白覆盖度高、重复性强， 适合单细胞深度蛋白组分析。
多重标记方案
高通量（最高2000样本／日）、无需参比样品， 可精准细胞分型。
应用价值
可规模化开展单细胞蛋白质组学研究。
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