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人工智能赋能数字微流控:无标记单细胞分选及操控技术取得新突破
2025.01.20

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    在生物医学研究与临床应用的广阔天地中,从复杂异质的样本中精准分离特定类型的细胞,无疑是技术突破的关键一环。尤其在癌症诊断领域,循环肿瘤细胞(CTCs)的精确分离,对病变追踪及细胞组学分析的影响至关重要。然而,传统细胞分选技术,如荧光激活细胞分选(FACS)与磁激活细胞分选(MACS),因图像分辨率有限、处理耗时长、细胞形态细节损失及无法同步多类型细胞排序等局限,亟需革新。

    正是在这一背景下,北京理工大学张帅龙博士团队、中国科学院苏州生物医学工程技术研究所马汉彬博士团队,以及奥素科技(ACX Instruments)携手,基于深厚的合作基础,共同开创了无标记细胞分选技术的新篇章。这一合作渊源可追溯至2022年,三方在有源数字微流控(AM-DMF)平台上的初步携手,为后续的创新奠定了坚实基础。2023年,奥素科技牵头的“国家重点研发计划-基础科研条件与重大科学仪器设备研发-高通量微流控精密移液器”中的子课题一即由北京理工大学张帅龙博士团队的符荣鑫博士承担,聚焦AM-DMF平台在合成生物学领域的应用拓展。2024年,基于前期紧密合作的深厚积累,北京理工大学张帅龙博士作为首席科学家,成功牵头申报并获批了“国家重点研发计划-前沿生物技术”中的“基于光电微流控的自动化抗体药物细胞株筛选平台开发与应用研究”项目,其中三方再次合作由奥素团队承担关键课题一。正是这一系列深度合作,催生了近日在《Advanced Science》期刊上发表的封面文章——“Deep Learning-Assisted Label-Free Parallel Cell Sorting with Digital Microfluidics”。

    该研究介融合了有源数字微流控技术(AM-DMF)、深度学习图像识别技术与自动路径规划算法,实现了细胞基于形态特征的区分与排序。这一技术不仅全自动、无标记,还兼具高精度、高回收率与多功能性。北京理工大学团队在微纳样本操控、生物医学检测领域的深厚底蕴,与马汉彬博士团队在半导体工艺、AM-DMF领域的坚实理论基础及开发经验,共同铸就了这一技术突破。该成果的发表展示了有源数字微流控平台,在单细胞操控、复杂流程集成等领域多种前沿技术交叉融合的光明前景。

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AM-DMF 上细胞分选的图示。 (a)系统设置。 (i) AM-DMF 系统。 (ii) AM-DMF 芯片的横截面图。 (iii)  在不同高度捕获的液滴图像。 (b) AM-DMF 细胞分选流程示意图。 (c) 用于细胞识别的 YOLOv8 对象检测模型的结构和预测工作流程。


    研究使用YOLOv8目标检测模型对AM-DMF芯片内的细胞滴液图像进行预测,通过训练数据集对模型进行训练和优化,得到最适合细胞分选任务的 YOLOv8 “small” 模型,确保在精度和运行速度上达到最佳平衡,凭借其强大的深度学习算法,深度挖掘细胞的形态特征,实现对纳升液滴内细胞的高精度分类,从而在复杂细胞样本中准确识别目标细胞,显著提升了细胞分选的准确性和可靠性。在滴液路径自动规划上,研究采用安全间隔路径规划(SIPP)算法,对滴液的运动进行控制,成功实现了多液滴的高效、无碰撞运动控制,确保细胞分离过程的有序性和高效性,大幅提高了细胞分选的通量和纯度。

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精度和目标细胞与背景细胞的比率对纯度和回收率的影响。(a) 不同浓度 PSB 样品的液滴阵列中 PSB 的分布。插图显示 KS 检验的 p 值、和泊松分布曲线的 λ 值。(b) 对于 1:1 HeLa 细胞 - PSB 混合物,不同混合物浓度下四种不同类型液滴的比例。(c,d) 物体检测模型精度和 HeLa 细胞与 PSB 的比例对 HeLa 细胞分选纯度和回收率的影响。


    实验首先以 HeLa 细胞和 PSBs 为样本,经过三个分选周期,实现了 98.5% 的分选精度、96.49% 的纯度和超过 80% 的回收率。在复杂细胞样本分选实验中,如 HeLa 细胞与红细胞、癌细胞与白细胞、白细胞亚型的分选,均取得了令人满意的结果,证明了该方法在不同细胞体系中的广泛适用性和有效性。此外,使用这种方法分选的细胞可以直接在芯片上的宿主液滴中裂解,确保最小的样品损失,并适合下游生物分析。
    中国科学院苏州生物医学工程技术研究所马汉彬博士团队及奥素科技自主研发的有源矩阵数字微流控(AM-DMF)平台,以其成熟的制造水准与强大的样本操控能力,为实验提供了高度可控的流程与单细胞级分辨率。全自动化系统降低了手动操作误差,提高了实验的重复性与结果可靠性。
    “欲善其事,先利其器”,稳定、高效、高精度的样本操控是优秀算法能够发挥效用的必要条件,该成果的发表,充分展示了AM-DMF技术在“AI for science”时代,作为微量液体样本处理、单细胞操控领域成熟解决方案的潜力。此外,马汉彬博士团队在AI智能检测与数字AM-DMF技术交叉方向也进行了深入的研究,相关成果发表于Microsystems & Nanoengineering期刊。(DOI:10.1038/s41378-024-00765-7)。
    深度学习辅助的 AM-DMF 细胞分选技术凭借其突出优势,为细胞生物学基础研究、疾病诊断和药物研发等领域开辟了新的路径。该技术的无标记和全自动化特点,使其易于与其他生物技术相结合,拓展其在生物医学领域的应用范围。技术相关团队在此领域有着深厚的合作基础,随着的合作的长期和深入,相关技术的成熟和优化,该技术必将成为细胞分选领域的主流技术。

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片上细胞裂解处理。(a) 通过细胞分选获得 HeLa 液滴并对裂解物进行取样。(b) 合并两个液滴。(c) 操纵合并的液滴进行循环和往复运动,使其内容物充分混合并促进裂解反应。(d) 裂解完成并进行物体检测,未发现 HeLa 细胞。


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